对小区业主违章建筑影响其他业主合法权益的处理方式有：1、有业主大会、业主委员会依照要求其停止侵害、消除危险、排除防碍，赔偿损失；2、受到侵害的业主个人依法向有管辖权的人民法院提起诉讼；3、共同受到侵害的业主推选代表人依法向人民法院提起诉讼。
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业主维权方式主要有以下几种：　　（一）、行政途径，业主可向当地政府的建设行政部门、消费者权益保护协会、质量监督部门反映。　　（二）、法律途径。１．对当地房地产行政主管部门提起行政复议、行政诉讼。２、对开发商、物业管理公司提起民事上的违约或侵权之诉。
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业主维权是可以通过业主大会或者是向当地房管局投诉的，另外视具体的侵权行为所归属的管理部门不同，具体处理。