不合法，邻居房顶水流进你家院子侵犯了你的合法权益。根据《物权法》等法律规定，邻居应确保其行为不妨害他人权益。若水流持续侵入，可能导致你家院子受损，甚至影响房屋安全，需及时采取措施解决。
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常见处理方式有与邻居协商、请物业介入或诉诸法律。若邻居态度友好，可首先尝试协商；协商无果可请物业协调；若仍无法解决，建议通过法律途径维护权益。
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不合法，需处理。具体操作：1.与邻居沟通，要求其采取措施防止水流侵入；2.若沟通无果，联系物业或社区调解；3.若问题依旧，收集证据，如照片、视频等，咨询律师并考虑起诉；4.若涉及房屋质量问题，也可联系开发商或相关部门维权。