工厂扣除社保费用但未上交，可要求工厂补缴或举报。分析说明：根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务按时足额缴纳社会保险费。工厂扣除社保费用但未实际上交，违反了法律规定，侵害了员工的合法权益。员工有权要求工厂及时补缴被扣除的社保费用。提醒：若工厂拒绝补缴或长时间未予回应，表明问题比较严重，应及时寻求劳动仲裁机构或人民法院的帮助，以维护自己的合法权益。
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处理方式：从法律角度来看，面对工厂扣除社保费用但未上交的情况，员工可以采取以下处理方式：首先，与工厂沟通，明确要求工厂补缴被扣除的社保费用；其次，若沟通无果，可以向当地的劳动监察部门或社会保险行政部门进行举报；最后，还可以选择向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。选择建议：员工应根据实际情况选择合适的处理方式。若问题较为简单，可以先尝试与工厂沟通解决；若沟通无果，再考虑向相关部门举报或提起劳动仲裁、诉讼。
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具体操作：从法律角度，针对社保费用被工厂扣除但未上交的问题，在不同情况下可以采取以下具体操作：1.若与工厂沟通后，工厂同意补缴社保费用，则双方应签订书面协议，明确补缴的时间、金额等具体事项，并监督工厂按时完成补缴。2.若工厂拒绝补缴，员工可以向当地的劳动监察部门或社会保险行政部门进行举报。举报时，应提供充分的证据材料，如工资条、扣款记录等，以证明工厂确实扣除了社保费用但未上交。相关部门将依法进行调查处理。3.若举报后问题仍未得到解决，员工可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁。在劳动仲裁过程中，员工需要提供详细的证据材料，以证明自己的主张。劳动仲裁机构将依法作出裁决，要求工厂补缴社保费用。4.若对劳动仲裁结果不满，员工还可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，员工需要委托律师代理诉讼，提供充分的证据材料，以证明自己的合法权益受到侵害。人民法院将依法作出判决，维护员工的合法权益。在整个过程中，员工应注意保留相关证据材料，以便在必要时提供证明。同时，员工也应了解自己的法律权益和维权途径，积极维护自己的合法权益。