还款协议到期后未还清，可要求对方合理期限内还款。依据《中华人民共和国民事诉讼法》，若对方不还，可起诉或申请支付令。不及时处理可能导致债权难以实现，影响资金回流。
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常见处理方式为要求还款、起诉或申请支付令。选择时，若对方有还款意愿但暂无力偿还，可给予合理期限；若无还款意愿或无法联系，则考虑起诉或申请支付令。
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未还清款项需处理。具体操作：1.先与对方沟通，要求其在合理期限内还款。2.若沟通无果，准备相关证据，向法院提起诉讼。3.或考虑向法院申请支付令，需确保支付令能送达欠款人。