合同中乙方两人签名但只有一人签署，效力需视情况而定。依据《合同法》，若合同内容合法且为真实意愿表达，即使只有一方签字，但双方盖章或已履行主要义务，合同仍有效。未及时处理可能导致合同纠纷，影响权益保护。
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一人签署两人应签合同，处理如下：1.尽快联系未签字方补签，确保合同完整有效；2.如已履行主要义务，可保留证据，证明合同实际履行；3.若对方拒绝签字，考虑通过法律途径确认合同效力，避免后续纠纷。
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乙方两人仅一人签署合同，处理方式需根据合同内容确定。一般可协商补充签字或盖章，或依据实际履行情况确认合同效力。选择时应考虑合同具体情况及双方意愿，确保合法合规。